Główne obszary działalności naukowej Instytutu to badanie zróżnicowania, geografii i historii świata zwierząt, a także ekologia, biologia i ochrona zwierząt.

Siedziba Instytutu znajduje się w Warszawie. Mamy również trzy terenowe stacje badawcze: w Łomnej koło Warszawy, Ustrzykach Dolnych (Bieszczady) i w Gdańsku-Górkach Wschodnich.

Dyrektorem Instytutu jest prof. dr hab. Wiesław Bogdanowicz. Działalność naukową Instytutu nadzoruje Rada Naukowa. 

Instytut posiada nowoczesną pracownię technik molekularnych i biometrycznych. W Muzeum Instytutu znajdują się jedne z największych i najcenniejszych w Europie zbiorów zoologicznych. Rozwój w dotychczasowych obszarach badań charakteryzuje intensywna współpraca międzynarodowa.

W Instytucie znajduje się Centralna Biblioteka Zoologiczna. Wśród licznych wydawnictw naukowych Instytutu znajdują się trzy czasopisma z listy filadelfijskiej